Balai Veteriner (BVet) Bukittinggi pada awalnya adalah sebagai salah satu Unit Pelaksana Teknis Direktorat Jenderal Peternakan dan Kesehatan Hewan. Berdiri pada tahun 1972 sebagai Laboratorium Kesehatan Hewan Bukittinggi type C.  Pada tahun 1974, Laboratorium ini Menjadi Laboratorium Kesehatan Hewan type B.

Pada tanggal 25 Mei 1978 berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor : 315/Kpts/Org/V/1978 dari Laboratorium type B ini, berdirilah Balai Penyidikan Penyakit Hewan (BPPH) wilayah II Bukittinggi dengan wilayah kerja pelayanan meliputi 3 propinsi di Sumatera, yakni Sumatera Barat, Riau dan Jambi.

Selanjutnya pada tanggal 20 Agustus 2001 berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor : 457/Kpts/OT.210/VIII/2001 BPPH berubah nama menjadi Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional II dengan wilayah kerja pelayanan 3 propinsi yang sama.

Semenjak 24 Mei 2013 berdasarkan SK Menteri Pertanian Nomor 54/Permentan/OT.140/5/2013mengenai organisasi dan tata kerja Balai Veteriner, maka BPPV berganti nama menjadi Balai Veteriner (BVet) Bukittinggi dengan wilayah kerja pelayanan meliputi 4 propinsi di Pulau Sumatera, yakni Sumatera Barat, Riau, Jambi, dan Kepulauan Riau.